Até a chegada de açorianos à Ilha de Santa Catarina, a região do Pântano do Sul era habitada por índios carijós. No local, já foram encontradas ossadas que datam de mais de seis mil anos, em um dos mais importantes sítios arqueológicos do estado.

Os portugueses só se interessaram por colonizar a região em meados da década de 1760. Até então, apenas índios habitavam o local. A chegada tardia dos colonizadores ocorreu por conta da infertilidade da terra, imprópria para a agricultura. Eles descobriram, no entanto, que a pesca de peixes, camarões, lulas e, principalmente, baleias poderia ser muito rentável.

Durante o fim do século XVIII, século XIX e início do XX, grandes instalações como a Companhia da Pesca de Baleias da Lagoinha e a Armação Grande se dedicavam à pesca predatória dos mamíferos marinhos, para a utilização da carne, da gordura, do óleo e até de barbatanas e ossos.

A decadência do ciclo da baleia começou em 1847, quando os animais ficaram escassos nesta região. A prática fez com que as baleias praticamente se extinguissem das proximidades da ilha. A última baleeira foi fechada na década de 1970. Aos poucos, a pesca predatória deu lugar à valorização turística do avistamento de baleias. Hoje, já é possível, em alguns meses do ano, observar estes mamíferos gigantes.

Desde o início de sua colonização, o Pântano do Sul foi uma região subordinada à Freguesia de Nossa Senhora da Lapa do Ribeirão da Ilha. Apenas em 1960, foi criado o distrito do Pântano do Sul. Até 1968, não havia energia elétrica no local e o acesso era precário, pois foi só em 1983 que boa parte da estrada que liga este comunidade ao Centro de Florianópolis foi pavimentada.